För att kunna använda homeopatiska preparat säkert skall en skolad homeopat välja den homeopatiska medicinen. Den homeopatiska behandlingen har hög säkerhetsstandard på både medicinerna och homeopaterna.
Den största skillnaden med homeopatiska mediciner och traditionella mediciner är att de senare innehåller stora toxiska halter. De homeopatiska substanserna är utspädda, därför förorsakar de inte liknande toksiska problem hos patienten.